In de meest afgelegen uithoeken van de wereld bestaat nog steeds magie, belichaamd door geesten van het land, van de lucht en van elk natuurlijk ding

Spirit Island is een complex en thematisch coöperatief spel waarin je je thuiseiland moet verdedigen tegen koloniserende indringers. Spelers zijn verschillende geesten van het land, elk met zijn eigen unieke elementaire krachten. Elke beurt kiezen spelers tegelijkertijd welke van hun machtskaarten ze willen spelen, waarbij ze energie betalen om dit te doen. Het gebruik van combinaties van krachtkaarten die overeenkomen met de elementaire affiniteiten van een geest kan gratis bonuseffecten opleveren.

Snellere krachten worden onmiddellijk van kracht voordat de indringers zich verspreiden en verwoesten, maar andere magie is langzamer en vereist voorbedachtheid en planning om effectief te kunnen gebruiken. In de Spirit-fase krijgen geesten energie en kiezen ze hoe/of ze willen groeien: gebruikte krachtkaarten terugwinnen, nieuwe kracht zoeken of hun aanwezigheid verspreiden naar nieuwe delen van het eiland.

De Invaders breiden zich op een semi-voorspelbare manier uit over de eilandkaart. Elke beurt verkennen ze een aantal landen (delen van het eiland); de volgende beurt bouwen ze in die landen en vormen ze nederzettingen en steden. De beurt daarna verwoesten ze daar, brengen plaag in het land en vallen alle aanwezige inheemse eilandbewoners aan.

De eilandbewoners vechten terug tegen de indringers wanneer ze worden aangevallen, en verlenen de geesten wat andere hulp, maar doen dit niet altijd precies zoals je had gehoopt. Sommige krachten werken via de eilandbewoners en helpen hen (bijvoorbeeld) de indringers te verdrijven of het land van de verwoesting schoon te maken.